Tutkimustulosten erot voivat johtua ensinnäkin tutkijoiden erilaisista havainnoista, taustatiedoista, teorioista ja käsitteistä sekä tutkimuskysymyksistä. Toisekseen erot voivat johtua havainto-, lasku- ja päättelyvirheistä sekä vääristä taustaoletuksista. Joissakin tieteellisissä kiistoissa tutkijoilla on niin erilaiset lähtökohdat, että heiltä puuttuvat yhteiset perusteet valita kilpailevien käsitysten välillä.

On tavallista, että joku näkee tai kuulee jotain, joka jää toiselta samassa tilanteessa näkemättä tai kuulematta. Tällainen tilanne on esimerkiksi se, kun matkustaja näkee lähestyvän ajoneuvon, joka jää kuljettajalta havaitsematta, koska tuulilasin pilari estää näkyvyyttä. Myös tutkijat voivat olla sanan konkreettisessa tai abstraktissa merkityksessä ”kuolleessa kulmassa”, josta heiltä jää jotain tärkeää havaitsematta. Vaikka tutkijoiden käyttämät teoriat ja muut käsitevälineet voivat auttaa selvittämään monia asioita, ne voivat myös estää havaitsemasta muuta tutkimuksen kannalta huomionarvoista. Tämä tukee käsitystä, että tieteellisen tarkastelun tulee olla monipuolista ja tapahtua mahdollisuuksien mukaan useammasta kuin yhdestä näkökulmasta.

Virheellisiä ja muiden henkilöiden tekemien havaintojen kanssa ristiriitaisia tutkimustuloksia voi syntyä myös silloin, kun tottumukseen perustuvat odotukset ohjaavat tutkijaa voimakkaasti. Arkitilanteissakin ihmisillä on paljon ennakko-odotuksia koskien esimerkiksi sitä, mitä jossain näkyy tai kuuluu. Joku odottaa näkevänsä tutussa maisemassa esimerkiksi ladon tai koiran. Odotuksen mukainen havainto saattaa olla kuitenkin erehdys: lato voi olla tosiasiassa purettu ja koiran sijaan portilla voi olla esimerkiksi puun varjo.

Persoonallisuuden tutkimukseen käytetyssä Rorschachin musteläiskätestissä pyydetään koehenkilöitä kertomaan, mitä he näkevät eri kuvatauluissa. Ludwig Wittgensteinin Filosofisissa tutkimuksissa on yllä oleva kuva, jonka voi nähdä kanina tai ankkana. Eräässä leikissä kysytään, miltä pilvet näyttävät. Tällaisiin havaintoja koskeviin yksilöllisiin tulkintoihin ei välttämättä ole oikeaa tai väärää vastausta: yhdestä havaitsijasta pilvi näyttää koiralta, toisesta hatulta. Havaitsijat saattavat kuitenkin saavuttaa ainakin suhteellisen yksimielisyyden, jos he kertovat toisilleen, mikä piirre näyttää koiralta ja mikä taas hatulta. Koiran nähnyt voi myöntää, että pilveen sisältyy hattumaisiakin piirteitä, ja päinvastoin. Tutkijoiden mielipide-eroja voidaan vastaavasti kaventaa tunnistamalla ja selittämällä heidän lähtökohtiaan.

Yksimielisyyden puute voi johtua myös siitä, että eri henkilöillä on eri mittakaavat tai vertailukohdat sille, mikä on esimerkiksi pitkä ja mikä taas lyhyt. Eri kulttuureissa on erilaisia käsityksiä esimerkiksi siitä, milloin on pian. Suomessa ”pian” voi tarkoittaa esimerkiksi bussia odottaessa viittä minuuttia, kun taas Intiassa vastaavassa tilanteessa ”pian” voi viitata lähitunteihin.