Yliopistoissa on tehty 90-luvulta tähän päivään paljon erilaisia hallinnollisia ja rakenteellisia muutoksia, joista monet ovat koskeneet opetusta. Suurimpia niistä ovat kaksiportaiseen tutkintojärjestelmään siirtyminen ja koulutusohjelmauudistus. Muutosten vaikutus opetuskäytäntöihin on kuitenkin suhteellisen vähäinen.

Yliopistoista on kuin vaivihkaa tullut entistä kansainvälisempiä. Ulkomaisten opiskelijoiden määrä on lisääntynyt ja englannista on tullut sekä tutkimuksessa että opetuksessa yhä keskeisempi kieli, mikä on jonkin verran vähentänyt muiden vieraiden kielten käyttöä.

Suomalaisten yliopistojen kasvatusoppiin vyöryi vuosituhannen vaihteessa konstruktivistinen oppimiskäsitys, jonka mukaan oppiminen on omatoimista tiedon rakentamista sen pohjalta, mitä jo osataan. Tämän käsityksen valossa perinteinen opettajakeskeinen luento-opetus alkoi näyttää auttamattoman vanhentuneelta. Hurjimmissa visioissa oltiin valmiita luopumaan luento-opetuksesta ja keskittymään opiskelijoiden ohjaukseen, erilaisiin ryhmätöihin ja oppimistehtäviin, joissa oppiminen perustuu opiskelijoiden omiin tuotoksiin. Konstruktivistisen oppimiskäsityksen äärilaidalta on palattu ”kultaiselle keskitielle”. Luento-opetus on säilynyt, mutta aikaisempaa enemmän korostetaan opiskelijoiden innostamista, koska oppiminen on pohjimmaltaan opiskelijan teko.

Uusinta opetusteknologiaa ja verkkoviestintää hyödyntävät opetusmenetelmät etsivät yliopistoissa paikkaansa ja ovat jo muuttaneet joidenkin opettajien opetuskäytäntöjä enemmän kuin toisten. Uuden teknologian hyödyt liittyvät luultavasti enemmän opetus- ja suoritustapojen monipuolistumiseen kuin oppimistuloksiin.

Opetussuunnitelmia ja -ohjelmia on parin viime vuosikymmen aikana uudistettu moneen kertaan. Tärkeimpiä tuloksia ovat opetuksen arvonnousu ja opiskelijoiden entistä tavoitteellisempi huomioon ottaminen. Tähän liittyy myös viimeaikainen keskustelu yliopisto-opettajien pedagogisen koulutuksen vahvistamisesta. Pedagogisen koulutuksen ottaminen aikaisempaa painavammaksi rekrytointikriteeriksi on kuitenkin ongelmallista ja tutkimustehtävissä on edelleen syytä pitää tutkimusansioita ratkaisevina.